BAAU-nun ilk Həmkarlar İttifaqı Komitəsi 1996-cı ildə yaradılıb. Komitəyə ilk olaraq Ələkbər Mehdiyev, sonrakı illərdə isə Aqil Şahmuradov, Qafar Verdiyev  sədrlik etmişlər. 2012-ci ildən Komitəyə Şəfahət Əliyev sədrlik edir. Bu günə qədər BAAU-nun Həmkarlar İttifaqı Komitəsində 2 komissiya,rəyasət heyəti və məclis üzvləri fəaliyyət göstərir.