Elm, magistratura və doktorantura sektoru “Magistratura” şöbəsi kimi 1999-cu ildən fəaliyyət göstərir. 2012-ci ildən Elm şöbəsi ilə birləşdirilmişdir. Universitetdə 2013-cü ildən doktoranturanın yaradılması ilə əlaqədar doktorant və dissertant hazırlığının təşkili və həyata keçirilməsi, müvafiq struktur bölmələrin bu sahədə işinin koordinasiyası funksiyası şöbənin fəaliyyət dairəsinə aid edilmişdir. Bununla əlaqədar struktur bölmə Elm, magisratura və doktorantura sektoru adlandırılmışdır. Sektor öz fəaliyyətində Azərbaycan Respublikasının elm sahəsi üzrə qanunvericiliyini, magistratura və doktorantura səviyyələri üzrə hazırlığın təşkili üzrə normativ sənədləri, Təhsil Nazirliyinin əmr, sərəncam və təlimatlarını, Bakı Avrasiya Universitetinin “Bakı Avrasiya Universitetində doktoranturaların yaradılması və doktoranturalara qəbul qaydaları” və “Magistr hazirliği haqqında” əsasnamələrini, Universitet Elmi Şurasının qərarlarını, rektorun əmr və sərəncamlarını rəhbər tutur.
Sektor elmi işlər üzrə prorektora tabedir.
Sektorun fəaliyyəti 3 əsas istiqamətdə qurulmuşdur: magistr hazırlığı; fəlsəfə doktoru proqramı üzrə doktoranturada yüksək-ixtisaslı kadr hazırlığı; elmi fəaliyyətin təşkili
Sektorun vəzifələri:
Sektorun strukturuna sektor müdiri, doktorantura, magistratura və elmi fəaliyyətin təşkili və idarəolunması üzrə mütəxəssislər daxildir.
Struktur bölmə öz işini illik fəaliyyət planı əsasında həyata keçirir.